Prisotnost novih genotipov v različnih kliničnih vzorcih smo testirali z uporabo pripravljenih kvantitativnih tipsko specifičnih PCR v realnem času. Klinični vzorci so bili izbrani tako, da so predstavljali najpogostejše s HPV povezane benigne in maligne kožne in sluznične spremembe. Kot kužnino, ki predstavlja izhodiščno prisotnost HPV pri zdravih osebah, pa smo izbrali dlačne mešičke.
4.6.1 Rezultati testiranja kliničnih vzorcev na prisotnost HPV-125
Skupaj 601 vzorec, vključen v testiranje na prisotnost HPV-125, so sestavljali 260 vzorcev sluzničnih tkiv (104 vzorci raka materničnega vratu, 85 vzorcev papilomov grla, 71 vzorcev genitalnih bradavic), 203 vzorci kožnih tkiv (102 vzorca navadnih kožnih bradavic, 52 vzorcev ploščatoceličnega raka kože oz. SCC, 49 vzorcev bazalnoceličnega raka kože oz. BCC) in 138 dlačnih mešičkov. Rezultate testiranja prikazuje preglednica 9.
Preglednica 9: Klinični vzorci, testirani na prisotnost HPV-125 (Kovanda in sod., 2011a) Table 9: Clinical samples tested for HPV-125 (Kovanda et al., 2011).
Tip vzorca Število vzorcev
Število (%) HPV-125 pozitivnih vzorcev Sluznični vzorci
Genitalne bradavice 71 0 (0)
Papilomi grla 85 0 (0)
Rak materničnega vratu 104 0 (0)
Kožni vzorci
Navadne kožne bradavice 102 2 (2,0)
Ploščatocelični rak kože, SCC 52 0 (0)
Bazalnocelični rak kože, BCC 49 0 (0)
Dlačni mešički
138 1 (0,7)
Skupaj 601 3 (0,50)
Za HPV-125 pozitivne vzorce smo poiskali podatke o starosti in spolu bolnikov ter vzorcem določili število kopij virusa glede na število humanih celic in prisotnost drugih genotipov HPV. Lastnosti HPV-125 pozitivnih vzorcev prikazuje preglednica 10.
Preglednica 10: Lastnosti HPV-125 pozitivnih vzorcev in bolnikov (Kovanda in sod., 2011a) Table 10: Properties of HPV-125 positive samples and patients (Kovanda et al., 2011a).
Tip vzorca Histološka Vsi HPV-125 pozitivni vzorci so bili odvzeti imunokompetentnim osebam. Za dlačne mešičke števila virusnih genomov/št. humanih celic nismo določali.
All HPV-125 positive samples were obtained from immuno-competent individuals. The viral load was not determined for hair follicle samples.
4.6.2 Rezultati testiranja kliničnih vzorcev na prisotnost HPV-150
V testiranje na HPV-150 in HPV-151, ki je potekalo sočasno, smo vključili 540 vzorcev;
100 vzorcev raka materničnega vratu, 78 vzorcev papilomov grla, 71 vzorcev genitalnih bradavic, 101 vzorec navadnih kožnih bradavic, 52 vzorcev SCC, 49 vzorcev BCC in 89 vzorcev dlačnih mešičkov. Rezultate testiranja prikazuje preglednica 11.
Preglednica 11: Klinični vzorci, testirani na prisotnost HPV-150 Table 11: Clinical samples tested for HPV-150.
Tip vzorca Število
Za HPV-150 pozitivne vzorce smo poiskali podatke o starosti in spolu bolnikov ter vzorcem določili število kopij virusa glede na število humanih celic in prisotnost drugih genotipov HPV. Lastnosti HPV-150 pozitivnih vzorcev prikazuje preglednica 12.
Preglednica 12: Lastnosti HPV-150 pozitivnih vzorcev in bolnikov Table 12: Properties of HPV-150 positive samples and patients.
Tip Za dlačne mešičke števila virusnih genomov/št. humanih celic nismo določali.
The viral load was not determined for hair follicle samples.
Rezultate testiranja dlačnih mešičkov pri 29-letnem moškem, za katerega smo imeli na razpolago 28 vzorcev dlačnih mešičkov, v enem letu sedemkrat odvzetih s štirih različnih anatomskih mest, prikazuje preglednica 13.
Preglednica 13: Rezultati testiranja dlačnih mešičkov na HPV-150, v enem letu odvzetih s štirih mest iste osebe
Table 13: Results of HPV-150 testing of hair follicles obtained during one year from four anatomical sites of one individual.
Mesto odvzema dlačnega mešička
Odvzem obrvi penis skrotum analne dlake
1. + + + -
+, HPV-150 je prisoten, - HPV-150 ni prisoten.
+, HPV-150 positive, - HPV-150 negative.
4.6.3 Rezultati testiranja kliničnih vzorcev na prisotnost HPV-151
V testiranje na HPV-151, smo tako kot za testiranje HPV-151, vključili 540 vzorcev; 100 vzorcev raka materničnega vratu, 78 vzorcev papilomov grla, 71 vzorcev genitalnih bradavic, 101 vzorec navadnih kožnih bradavic, 52 vzorcev SCC, 49 vzorcev BCC in 89 vzorcev dlačnih mešičkov. Rezultate testiranja prikazuje preglednica 14.
Preglednica 14: Klinični vzorci, testirani na prisotnost HPV-151 Table 14: Clinical samples tested for HPV-151.
Tip vzorca Število
Za HPV-151 pozitivne vzorce smo poiskali podatke o starosti in spolu bolnikov ter vzorcem določili število kopij virusa glede na število humanih celic in prisotnost drugih genotipov HPV. Lastnosti HPV-151 pozitivnih vzorcev prikazuje preglednica 15.
Preglednica 15: Lastnosti HPV-151 pozitivnih vzorcev in bolnikov Table 15: Properties of HPV-151 positive samples and patients.
Tip Za dlačne mešičke števila virusnih genomov/št. humanih celic nismo določali.
The viral load was not determined for hair follicle samples.
4.6.4 Delna opredelitev kandidatnega izolata za novi genotip SI-HPV-Beta5
Pri testiranju kliničnih vzorcev na nove genotipe HPV-125, HPV-150 in HPV-151 smo pri potrjevanju prisotnosti HPV-150 naleteli na kandidatni izolat za nov genotip. Izolatu, ki smo ga poimenovali SI-HPV-Beta5, smo določili 354 bp dolgo nukleotidno zaporedje in ga deponirali v zbirko GenBank pod identifikacijsko oznako FR822732. V izolatu smo dodatno dokazali tudi prisotnost genotipa HPV-9 iz vrste 2 rodu Betapapillomavirus.
Primerjava pridobljenega nukleotidnega zaporedja SI-HPV-Beta 5 s preostalimi genotipi HPV je pokazala, da ima 354 bp dolgo delno zaporedje kandidatnega izolata 90,68 % podobnosti z ustreznim odsekom L1 gena HPV-150.
5 RAZPRAVA
Opredeljevanje vsakega novega genotipa HPV izboljšuje naše razumevanje filogenetske raznolikosti znotraj virusnih rodov, posebej pomembni pa so tisti genotipi, za katere se izkaže, da imajo klinični pomen. V raziskovanju patogeneze HPV je tako določanje kliničnega pomena novih genotipov pomemben prvi korak, ki vodi v izboljšano diagnostiko in obravnavo bolnikov. S testiranjem kliničnih vzorcev smo si prizadevali ugotoviti klinični pomen treh novih genotipov HPV, na katerega bi lahko sklepali na podlagi njihove filogenetske uvrstitve.